福建省林木种苗总站主要职能有：负责全省林木良种的引进、选育、认定和种质资源的管理；负责全省林木良种的引进、选育、审定、推广及种子基地的管理；负责全省林木种苗行政许可审核、审批和管理；负责全省林木种苗行政执法和质量监督管理工作；负责指导全省林木种苗生产和国有苗圃建设管理；负责全省花卉行业管理。